روستای مزرعه کلانتر از توابع بخش مرکزی شهرستان میبد یزد از شمال به مزرعه رفیع آباد و از جنوب به مزرعه قاسم آباد محدود می‌شود, ارتفاع روستای مزرعه کلانتر از سطح دریا در حدود 1102 متر است و اقلیمی گرم و خشک دارد, آب و هوای هتل صفائیه یزد در فصول بهار و پاییز نسبتاً خنک است, روستای مزرعه کلانتر یکی از نقاط تاریخی و ارزشمند استان یزد به شمار می‌آید, در هتل پارسیان یزد آثاری از آب انبارهای قدیمی، آسیاب‌های آبی و بقایای قلعة تاریخی به جا مانده است, قدمت این قلعه به دوره‌های پیش از اسلام می‌رسد,